Investigando con la PSP sobre si hay alguna manera de guardar los juegos y emuladores en subdirectorios, para tener un acceso más organizado y ágil, me he encontrado con este plugin:

Game Categories Revisited

Muy fácil de instalar y de usar. Basta con crear directorios con nombre CAT_nombre, donde nombre es el nombre que le queremos dar al subdirectorio. Por lo que he podido comprobar, sólo soporta un nivel de subdirectorios, no permitiendo anidamiento.

Los plugins son, como su propio nombre indica, pequeños complementos que amplían la funcionalidad del custom firmware que tengamos instalado. En la misma web PSP.Scenebeta.com podemos encontrar una útil guía sobre cómo se instalan y usan.

Lo que no he conseguido averiguar es una forma alternativa de ordenar los ficheros en el menú de la PSP, ya que siempre muestra los más recientes al principio y los más antiguos al final del todo.